多元醇酯的构象搜索示例

本文主要介绍多元醇酯（1-(癸酰氧基)-3-(壬酰氧基)丙-2-基十二烷酸酯）的构象搜索。该体系是一个柔性大分子体系，一定存在很多的构象，所以做构象搜索来分析其结构显得非常有必要。本实例采用sob老师开发的Molclus程序做构象搜索工作，先使用xTB做100 ps的动力学轨迹，先后经过GFN0-xTB和GFN2-xTB的结构优化筛选去除重复结构，再挑选能量差异在3 kcal/mol内的结构进行DFT方法的构象筛选工作，使用ORCA量子化学程序完成，最后使用Molclus统计了该多元醇酯在298.15 K下构象的的玻尔兹曼分布，并通过Laplace键级指数排序，根据键的类型挑选了最可能断键的位置并作了键能大小的分析。

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使用第一性原理程序计算吸附质在固体表面的吸附能示例

本文将从个人对第一性原理程序的学习经验出发，根据理解层次，首先说明学习第一性原理至少需要阅读的一本专著《DENSITY FUNCTIONAL THEORY：A Practical Introduction》，其次阐述了常用的两款主流的第一性原理计算程序：CP2K与Quantum Espresso，包括她们的常见计算任务和输入文件格式，最后从Cu(110)吸附甲苯的Slab模型为例，分别介绍两款计算程序如何求对应的Cu(110)吸附甲苯的吸附能，并对比两款程序的长处和短板，因为两款程序互补性很强，利用她们各自的优点能大大降低计算任务的整体时间。

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ORCA的简单使用之过渡态优化

本文将介绍ORCA中简单的过渡态优化任务，以xTB在线手册中对呋喃和乙烯的DA加成反应作为算例，对比xTB的反应路径预测与ORCA的反应路径预测的差别。在ORCA对过渡态优化算例中，使用了默认的dimer算法以及NEB方法分别做了优化，并讲述了过渡态优化任务中一些注意事项。最后还简单演示了一下高精度的自由能垒数据如何计算。

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    缺失模块。
    1、请确保node版本大于6.2
    2、在博客根目录（注意不是yilia根目录）执行以下命令：
    npm i hexo-generator-json-content --save

    3、在根目录_config.yml里添加配置： 

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矿大在读的一名化工系研究生<br><br>很喜欢极客行为，喜欢很多有趣的事情<br>希望能做本真的自己<br><br>很高兴认识你~